拮抗劑方案治療周期短（一般促排卵9天左右）、患者往返醫院次數相對長方案少。如果卵泡過多發育，可以通過改變夜針的用藥方案+全胚冷凍來達到預防卵巢過度刺激綜合征發生的目的，這一點是長方案所不具備的。

拮抗劑方案優點1、即時產生抑制效應，迅速抑制促黃體生成素峰值，因此不需要在促排卵初期就開始用藥，減少早期對垂體功能的影響。2、相比其他方案大大減少卵巢囊腫的形成幾率。3、病人普遍耐受性好。4、保留垂體功能反應性，拮抗劑在停止使用后，垂體功能可以迅速恢復功能，對黃體功能影響小。5、對于多次試管嬰兒失敗者，拮抗劑方案對提高成功率更有優勢。6、更低的卵巢刺激。拮抗方案不是100%完美的方案，最明顯的問題就是拮抗方案在周期計劃方面缺少彈性，沒有計劃性、必須依靠避孕藥調節時間，沒有降調，卵泡同步化差。