目前在三甲醫院做試管嬰兒是不可以選擇生男孩的，除非，某些特殊的遺傳性疾病會選擇性的遺傳給男孩或者女孩，才有可能在輔助生殖試管嬰兒的過程中去選擇胎兒性別。目前國家禁止任何形式的非醫學需要的胎兒性別鑒定，更不允許非醫學需要的人為胎兒性別選擇。也建議不要因為古老的重男輕女思想而對胎兒性別做出過多的選擇，只要是一個健康的孩子就可以了。

就目前來講，三甲醫院做試管嬰兒當然可以生兒子，不過，做試管也能生女兒，兒子和女兒的概率基本相同。試管嬰兒是一種輔助生殖技術，是幫助那些有生育意愿卻因為自身因素無法自然懷孕的夫婦，是幫助懷孕而不是幫懷兒子，要明白這個概念。根據國內多中心的嬰兒出生數據顯示，通過IVF/ICSI等輔助生殖技術出生的嬰兒中，男女的性別比為51.8% (男:女=107:100)，可以說試管嬰兒治療并沒有明顯地改變出生嬰兒的性別。

雖然現在技術上可以達到胚胎性別的篩選，但是只有在某些與性別相關的遺傳病等醫學需要的情況下才可以實施，并不是想做就做，更不能違法法律去隨便選擇性別，如果只是因為想要個兒子來選擇做試管，那么是不行的。

從醫學技術上來講，三甲醫院做試管是可以選擇性別的，但在我國，任何形式的非醫學需要的性別選擇，都是被嚴格禁止的，具體規定如下：

1、嚴禁采用技術手段對胎兒進行性別鑒定，但醫學上確有需要的除外;

2、實施人類輔助生殖技術的醫療機構不得進行性別選擇，法律法規另有規定的除外;

3、禁止任何單位或者個人實施非醫學需要的胎兒性別鑒定和選擇性別人工終止妊娠。

總而言之，試管嬰兒只是助孕的一種手段，任何做試管嬰兒的人都應遵守國家法律，胎兒性別的問題應順其自然，除非有特殊情況需要選擇性別，也必須有醫學指征。通常針對夫妻雙方患有一些家族遺傳病，如X連鎖顯性遺傳病(抗維生素D佝樓病、家族性遺傳性腎炎)會導致女性后代患病率更高，并且有連續傳遞的現象，在試管移植前可篩查胎兒性別、致病基因，把有問題的胚胎丟棄，必要時可以選擇男孩以降低患病風險。