選擇在月經前進行試管嬰兒可以減少操作時對卵巢的刺激，避免過度刺激導致卵巢超反應綜合癥等并發癥；其次此時子宮內膜較為薄弱，可以讓胚胎容易著床；此外在月經前進行操作也可以避免因為女性排卵周期不規律而錯過最佳受孕時機。

在月經前進行試管嬰兒也有一定缺點。由于子宮內膜較薄弱，可能會導致著床失敗或者早期流產。而且，在這個時期進行操作需要提前使用荷爾蒙藥物來調節周期，可能會引起一些副作用。

與在月經前相比，選擇在月經期進行試管嬰兒也有其優勢。首先，此時子宮內膜處于更新狀態，新鮮血液和營養物質豐富，能夠提供更好的生長環境；其次在這個時候女性自然排出了“老”子宮內膜組織和“老”卵泡，下一個周期可以重新開始新的發育；同時在排除了其他不孕癥原因后選擇這個時間點也可以增加懷孕成功率。

在月經期進行試管嬰兒也存在一些缺點。首先，在此時需要使用促排卵藥物促進卵泡發育和成熟，并且需要監測每個階段的情況以確定最佳受孕時間；其次在使用促排藥物后可能會出現副作用或者誘發多胞胎等問題。